Początkowo kwota dofinansowania do wynagrodzenia ze środków FGŚP nie była pomniejszana o składki na ubezpieczenie zdrowotne. W świetle najnowszej interpretacji Ministerstwa Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej przedsiębiorcy, którzy otrzymali decyzję o przyznaniu dofinansowania do wynagrodzeń pracowników z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych ze składką na ubezpieczenie zdrowotne, muszą pamiętać, że kwota składki zdrowotnej podlega zwrotowi na rachunek bankowy WUP w ramach rozliczenia niewykorzystanych środków. Dotyczy to również przedsiębiorców, którzy ubiegali się w WUP o dofinansowanie wynagrodzeń bez składek ZUS.
Wnioskodawca może otrzymać pomoc z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych wyłącznie w przypadku, jeśli nie uzyskał pomocy w odniesieniu do tych samych pracowników w zakresie takich samych tytułów wypłat na rzecz ochrony miejsc pracy (wynagrodzenia, składki) maksymalnie przez 3 miesiące.
Przykład:
Wnioskodawca, który skorzystał ze zwolnienia ze składek ZUS za marzec, kwiecień i maj, a następnie złożył wniosek o dofinansowanie wynagrodzenia ze środków FGŚP, w czerwcu mógł uzyskać dofinansowanie pomniejszone o składki ZUS.